همانطور که اشاره شد یکی از دغدغه های اولیه مشکوة، ایجاد تحول و تغییر در برنامه آموزشی حوزه جهت کوتاه، کارآمد و به روز شدن آن بود. بر این اساس طول برنامه تحصیلی در این حوزه به این صورت است که سطح یک را در 4 سال و سطح دو و سه را در 3 سال آموزش می بینند. (در عمده مدارس حوزوی این سه سطح طی حداقل 10 سال فراگرفته می شود). علاوه بر طول مدت تحصیل، تغییر برخی دروس و تغییر منابع و کتب درسی نیز در مدرسه مشکوة انجام گرفته است.

با تصویب مرکز تخصصی مشکوة امکان گذراندن یک رشته تخصصی سطح چهار نیز در این مدرسه وجود دارد که نوعاً 4 سال طول می کشد. لینک سایت دوره تخصص مشکات: کلیک کنید.